日本初、そして唯一の医学博物館として1989年に開館。歯科大学の施設であるものの、歯科医学に限らず医学・薬学に関する16世紀から戦前に至るまでの古医書、医療器械器具、薬看板、浮世絵、印籠といった多種多様なオリジナル史料を展示・保管しています。その数は約5000点におよび、1774年刊行の「解体新書」や、1859年に出版されたチャールズ・ダーウィンによる「種の起源」の初版本をはじめとする貴重な史料も数多く含まれます。